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L’Unità di progetto Certificazione della spesa dei fondi del PO FESR FSE e FSC è stata istituita con deliberazione della Giunta regionale 17 aprile 2020, n. 20/9 con il compito di provvedere alle funzioni di Autorità di certificazione della spesa dei fondi dei PO FESR, FSE e FSC e PAC. Per quanto riguarda i programmi operativi FESR e FSE 2014-2020, ai sensi della regolamentazione vigente l'Autorità di Certificazione è incaricata in particolare dei compiti seguenti:
• elaborare e trasmettere alla Commissione le domande di pagamento e certificare che provengono da sistemi di contabilità affidabili, sono basate su documenti giustificativi verificabili e sono state oggetto di verifiche da parte dell'Autorità di Gestione;
• preparare i bilanci di cui all'articolo 59, paragrafo 5, lettera a), del regolamento finanziario;
• certificare la completezza, esattezza e veridicità dei bilanci e che le spese in esse iscritte sono conformi al diritto applicabile e sono state sostenute in rapporto ad operazioni selezionate per il finanziamento conformemente ai criteri applicabili al programma operativo e nel rispetto del diritto applicabile;
• garantire l'esistenza di un sistema di registrazione e conservazione informatizzata dei dati contabili per ciascuna operazione, che gestisce tutti i dati necessari per la preparazione delle domande di pagamento e dei bilanci, compresi i dati degli importi recuperabili, recuperati e ritirati a seguito della soppressione totale o parziale del contributo a favore di un'operazione o di un programma operativo;
• ai fini della preparazione e della presentazione delle domande di pagamento, garantire di aver ricevuto informazioni adeguate dall'Autorità di Gestione in merito alle procedure seguite e alle verifiche effettuate in relazione alle spese;
• tenere conto, nel preparare e presentare le domande di pagamento, dei risultati di tutte le attività di audit svolte dall'Autorità di Audit o sotto la sua responsabilità;
• mantenere una contabilità informatizzata delle spese dichiarate alla Commissione e del corrispondente contributo pubblico versato ai beneficiari;
• tenere una contabilità degli importi recuperabili e degli importi ritirati a seguito della soppressione totale o parziale del contributo a un'operazione. Gli importi recuperati sono restituiti al bilancio dell'Unione Europea prima della chiusura del programma operativo detraendoli dalla dichiarazione di spesa successiva.

L’ Autorità di Certificazione si occupa anche di alcune funzioni relativamente al fondo di Sviluppo e Coesione. Il FSC ha la sua origine nei Fondi per le aree sottoutilizzate (FAS). Con il decreto legislativo 31 maggio 2011, n. 88, il FAS ha assunto la denominazione di Fondo per lo sviluppo e la coesione (FSC) ed è stato finalizzato a dare unità programmatica e finanziaria all’insieme degli interventi aggiuntivi a finanziamento nazionale, che sono rivolti al riequilibrio economico e sociale tra le diverse aree del Paese. Il FSC ha carattere pluriennale in coerenza con l’articolazione temporale della programmazione dei Fondi strutturali dell’Unione europea.
Per quanto riguarda il F.S.C, per le programmazioni 2007-2013 e 2014-2020, l’Autorità, come Organismo di Certificazione previsto dal Si.Ge.Co. si occupa di:
• effettuare l’audit di sistema per verificare il corretto funzionamento e l’efficacia dei sistemi di gestione e di controllo;
• inoltrare richiesta di trasferimento della prima quota di risorse del Patto e delle successive; elaborare e trasmettere all’amministrazione centrale le richieste di rimborso al raggiungimento delle soglie di spesa previste dalle Delibere CIPE;
• certificare, prima della richiesta di erogazione del saldo finale, la correttezza delle spese; garantire di aver ricevuto dal Responsabile Regionale Unico per l’attuazione del Patto, le informazioni adeguate in merito alle procedure seguite e alle verifiche effettuate in relazione alle spese; mantenere una contabilità delle spese dichiarate all’amministrazione centrale;
• tenere una contabilità degli importi recuperabili e degli importi ritirati a seguito della soppressione totale o parziale della partecipazione a un intervento;
• redigere la parte della Relazione Annuale sullo stato di attuazione di propria competenza, relativamente all’impiego delle risorse assegnate.

L’Autorità di certificazione svolge le medesime funzioni di certificazione della spesa anche relativamente al PAC (Piano di Azione e Coesione).
Il Piano di Azione Coesione siglato dallo Stato italiano con le regioni del Mezzogiorno geografico, e tra queste la Regione Sardegna, si viene ad inserire in una fase regionale di riflessione sulla strategia di sviluppo delineata dal POR FESR e della sua significativa rivisitazione. Negli ultimi anni della programmazione la Regione aveva infatti avviato azioni finalizzate al miglioramento dell'efficienza e dell'efficacia del POR FESR Sardegna 2007-2013 operando, attraverso la riprogrammazione del POR, una concentrazione di risorse sulle linee di attività ritenute più performanti, al fine di aumentare la capacità di impatto sul territorio. Il ruolo di Autorità di Certificazione del Programma relativo al Piano di Azione e Coesione (PAC) Sardegna, le cui funzioni e responsabilità sono mutuate dall’articolo 61 del Reg. CE 1083/2006, viene attribuito allo stesso centro di responsabilità cui competono le attività di certificazione del POR FESR.